Сюжет аниме "Василиск" - вражда кланов, вот что очень опасно в Японии. А когда во вражду вступают кланы ниндзя, то вообще война может понести за собой очень серьёзные последствия. В этот раз война будет происходить между кланами Ига и Кога. Эти кланы воюют ещё с древних времён, их предки воевали друг с другом, теперь очередь молодого поколения. Бои происходили ежедневно, каждый день были смерти и раны. Ожесточённая война кланов ниндзя, совсем вывела из строя жителей Японии, так как при любой вражде страдают невинные люди. На улице сверкали клинки, враждующие, резкими ударами убивали друг друга, и кровь текла ручьём. Никто не планировал останавливать это противостояние, так как японские законы чести гласят, что побеждает сильнейший. Но всё-таки эта война перешла уже все границы. И в один прекрасный момент появляется лорд, которого зовут Хаттори Хандзо, он решает встать на защиту японского населения, предлагая обеим сторонам решить конфликт мирно. С тех пор два клана связывал договор, в котором говорилось о том, что начинать какие-либо военные действия строго запрещено.